Ecco di seguito il link di Microsoft dove è indicato come rimuovere correttamente il virus conficker
Ecco, a grandi linee gli step da eseguire, per la rimozione:
1. Prima di tutto va installata la patch preposta per questa problematica MS08-067
Since the release of MS08-067, the Microsoft Malware Protection Center (MMPC) has identified the following variants of Win32/Conficker:
- Worm:Win32/Conficker.A: identified by the MMPC on November 21, 2008
- Worm:Win32/Conficker.B: identified by the MMPC on December 29, 2008
- Worm:Win32/Conficker.C: identified by the MMPC on February 20, 2009*
- Worm:Win32/Conficker.D: identified by the MMPC on March 4, 2009**
- Worm:Win32/Conficker.E: identified by the MMPC on April 8, 2009
2. Successivamente un antivirus aggiornato alle ultime definition
3. Disabilitare l’autoplay da registro oppure da policy di dominio secondo l’articolo Microsoft Knowledge Base Article 967715.
4. Per invece rimuovere il virus su un sistema infetto è sufficiente usare il tool Windows Malicious Software Removal Tool (MSRT)
[update 2013.11.10]
http://www.microsoft.com/it-it/security/pc-security/conficker.aspx#!