Ho trovato su internet un interessante tutorial che mostra di cancellare gli aggiornamenti non piu' utilizzati dal server WSUS.
Il concetto generale da applicare è quello di operare sugli aggiornamenti marcati come superseded
Ecco il relativo articolo che spiega meglio il tutto:
http://nolabnoparty.com/recuperare-spazio-da-wsus-server/