http://gallery.technet.microsoft.com/SMS-to-SCCM-Migration-aa1479f8#content
Che mostra come creare un opportuno pacchetto SMS 2003 che in automatica schedula l'attività di disinstallazione del client SMS 2003 e la relativa installazione del client SCCM 2012.
Soluzione interessante.
L'alternativa è l'installazione tramite script di login pubblicata su un'opportuna OU di AD
[update Luglio 2013]
Ecco la procedura testata da me. Creare pacchetto SMS 2003 con i seguenti binaries sul server SMS 2003 nella cartella packages
Nella precedente cartella mettere i seguenti due script
copy.bat
xcopy /y *.* /s c:\temp\
schtasks /CREATE /SC MINUTE /mo 90 /TN Migration /TR
"c:\temp\install.bat" /RU SYSTEM
install.bat
C:\temp\ccmclean.exe /client /q
C:\temp\Ccmsetup.exe /SMSSITECODE=XXX
SCHTASKS /delete /TN Migration /F